Sau khi đến Tây Nguyên, Sư đoàn có một thời gian yên tĩnh bởi hoạt động vũ trang của những người Cộng sản chưa phát triển đến đây. Phong trào BaJaRaKa đòi quyền tự trị cho Cao nguyên đã bị Chính quyền trấn áp từ năm 1958. Bên cạnh lực lượng của Sư đoàn còn có các toán Dân sự Chiến đấu (Civilian Indigenous Defense Group - CIDG) và Lực lượng Đặc biệt (Special Force) gồm các chiến binh Dân tộc thiểu số Rhadé, Bahnar, Sédang, Kaho, Bru..., do chính CIA trực tiếp huấn luyện và chỉ huy.

Cuối năm 1963, khi cuộc đảo chính Quân sự lật đổ Tổng thống Ngô Đình Diệm nổ ra, Lực lượng Sư đoàn cùng với Quân đoàn II, lúc này dưới quyền Thiếu tướng Nguyễn Khánh, án binh bất động. Sau khi đảo chính thành công, tướng Nguyễn Khánh mới tuyên bố Vùng 2 ủng hộ đảo chính.

Thời kỳ yên ả của Sư đoàn bắt đầu chấm dứt sau đảo chính vì áp lực Mỹ buộc chính phủ Quân sự Việt Nam Cộng hòa khi đó thả lãnh tụ phong trào BaJaRaKa. Thậm chí, Y Bham Enuol Chủ tịch phong trào, còn được nhậm chức Phó Tỉnh trưởng Đarlac. Paul Nưr, Phó chủ tịch phong trào nhậm chức Phó Tỉnh trưởng Kontum.

Ngày 30 tháng 1 năm 1964, tướng Nguyễn Khánh thực hiện "Chỉnh lý" và nắm quyền lực cao nhất. Tháng 3 năm 1964, lãnh đạo phong trào Barajaka đã thành lập Mặt trận Giải phóng Cao Nguyên (Front de Libération des Hauts Plateaux - FLHP), còn được biết đến với tên gọi "Mặt trận Cao Nguyên", đòi quyền tự trị. Y Dhơn Adrong, một lãnh đạo chủ trương bạo động đã kêu gọi cán bộ dân vệ và biệt kích người Thượng trong Quân lực Việt Nam Cộng hòa gia nhập FLHP chống lại Chính phủ Việt Nam Cộng hòa.

Tuy vậy, do có sự can thiệp từ Đại sứ quán Mỹ, các hoạt động của FLHP và của FULRO sau này đều không phải là quá lo ngại với Chính quyền Việt Nam Cộng hòa và hoạt động của Sư đoàn 22. Đối thủ thực sự của họ mạnh hơn nhiều: Quân Giải phóng miền Nam mà chính xác hơn là quân Bắc Việt.